منذ استقلالهما في بداية تسعينيات القرن العشرين، تشهد قيرغيزستان وطاجيكستان مشاكل حدودية مع بعضها البعض، وتمتد الحدود بينهما حوالي ألف كيلومتر، وبعد انهيار الاتحاد السوفيتي بقيت عشرات المناطق الحدودية محل نزاع بين البلدين.

قال الرئيس "إمام علي" مخاطبا الرئيس الروسي فلاديمير بوتين إنه خلال الاتحاد السوفيتي لم يكن هناك اهتمام بالجمهوريات الصغيرة والشعوب الصغيرة ولم تؤخذ التقاليد والعادات في الحسبان. ورد بوتين بالقول إنه محق إلى حد كبير.

الهدف من شق ممر واخان الذي يربط أفغانستان بالصين في الاتجاه الشمالي والجنوبي بطريقة توفر اتصالا بين باكستان وطاجيكستان، هو القضاء على اعتماد بلدان آسيا الوسطى على كابول عند نقطة الممرات. 

بعد انسحاب الولايات المتحدة الأميركية من أفغانستان، وجدت إيران تلائما في سياساتها ومصالحها مع روسيا المفعمة بثقتها العسكرية في نفسها، وكذلك مع الصين من الناحية الاقتصادية الغنية في آسيا الوسطى وأوراسيا.

ألمح موقع إيطالي إلى أن الأخبار التي تفيد بموافقة طاجيكستان على إنشاء قاعدة عسكرية جديدة بتمويل صيني، تخفي عرضا من قبل السلطات الطاجيكية لمنح بكين إدارة منشأة عسكرية حدودية.